Onno sta ai piedi di un alto dirupo, il Sasso di Onno, e il suo nucleo antico era più a sud, vicino alla chiesetta di Sant'Anna, finché un'alluvione lo distrusse nel 1896; la chiesetta c'è ancora. In paese c'è Casa Corti, l'ex casa parrocchiale, con i resti di un affresco datato 2 dicembre 1452 e attribuito a Cristoforo da Seregno e alla sua bottega, come quelli dell'abside della vicina parrocchiale di San Pietro e della parete nord di Sant'Anna. Vassena, al centro, dove ha sede il municipio, fu fondata da coloni di Mandello, sull'altra sponda, che venivano a coltivare i terreni attraversando i pochi chilometri di lago con le barche a remi chiamate «Lucie».
Limonta, la frazione più a nord, è la più antica: nell'835 l'imperatore Lotario la donò al monastero di Sant'Ambrogio di Milano, che la tenne per più di nove secoli, fino all'arrivo dei francesi. Rimase un'isola giuridica dentro lo Stato di Milano fino al 10 settembre 1797. La chiesa dei Santi Ambrogio e Bernardo ha l'interno barocco e un polittico della fine del Quattrocento con la Crocifissione, e poco oltre il paese, sulla riva, c'è il santuario della Madonna del Moletto, una piccola chiesa del Seicento su due livelli.